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[UE 1] Acide aminé | Eléctrophorèse | QCM 11 tutorat(Tuteurs remerciés)

Question

...
juliana
Membre
Pharmacie Montpellier
Bonjour,
Voilà, je n'ai pas vraiment bien compris le qcm n°11 de la séance 5 du tutorat sur le cours des acides aminés.
Je voudrais bien un peu de votre aide oeil !

A) Compris
B) Compris

C) A la correction vous dites qu'en condition dénaturante la protéine formerait 1 seule bande à 50 kDa.
Or, il y a une seule bande à 25kDa en condition dénaturante (pas agent réducteur). Je n'arrive pas à comprendre d'où sort le 50kDa dans votre corrigé.
De plus, pourquoi dans la condition non dénaturante il n'y a pas d'échelle pour savoir le poids total de la protéine?

D) B pourrait être représenté par 6 chaines peptidiques ça ok. Par conséquent ici son PM=340 kDa. Juste pour savoir les liaisons représentées sur le schéma ce sont bien les liaisons faibles?

E) Compris

Merci de m'éclaircir pour la question surtout B et C heureux .
Par juliana le 03/11/2013 à 09h21 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

...
Mathilde-b
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Bonjour!

Alors item C: En fait dans la correction, on te parle de la protéine représentée. Sa sous unité est constituée de deux chaines de 25 kDa donc PM=25+25=50 kDa, donc dans l'électrophorèse 3 (qui te donne le PM des SU), tu aurais une bande à 50 kDa.
En ce qui concerne la protéine A, PM( SU)=25 kDa, donc son monomère ne peut être constitué que de une chaine de 25. Sa représentation est alors: une barre de 25 kDa.

Item D: Dans ce QCM, on ne te donne pas le PM total des protéines, donc tu as plusieurs représentations possibles.
On sait juste que sa représentation doit avoir une ou plusieurs chaines de chaque type: 100, 50 et 20 kDa, et avoir une ou plusieurs sous unités de 100 et 140 kDa.
Ici, le PM(B)=340 kDa effectivement mais tu aurais aussi pu avoir un PM=240 kDa, si tu enlevais une chaine de 100 à la représentation donnée dans l'item, et c'est aussi une possibilité de représentation de B.

Attention, les liaisons représentées sont des ponts disulfures, donc des liaisons covalentes.
Une protéine multimérique est composée de plusieurs monomères/ sous unités, qui sont reliés entre eux par des liaisons faibles. Une SU est elle même composée de une ou plusieurs chaines liées entre elles par des ponts S-S (ceux représentés).
Ex dans l'item D: la proteine B a deux sous unités de 100 ayant chacune une chaine de 100, et a une sous unité de 140 constituée de deux chaines de 50 et deux de 20.

-En condition dénaturant (SDS)(ici electro 3): Le SDS casse les liaisons faibles, donc sépare les monomères. (PM des SU)
-En condition dénaturant et réducteurs (β mercapto ethanol) (electro 2): Le β Mercapto casse les ponts S-S, donc sépare les chaines. (PM des chaines).

Voila j'espère que tu as mieux compris heureux
Par Mathilde-b le 03/11/2013 à 15h58 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
juliana
Membre
Pharmacie Montpellier
Ok merci oeil j'ai compris !

Au fait, toujours sur les acides aminés (encore) ^^ il y a des exercices où je bloque tout le temps.
Si je pourrais avoir une dernière réponse j'en serais ravie !!

Par exemple:
De l'acide glutamique (PKa=1,7 ; PKb=9,8 et ensuite PKr=4,2 ) est mis en solution à Ph=4.
Quelle est la valeur de la forme anionique de l'acide aminé.?

Correction:
Fonction acide PKa<Ph-2 -> forme COO-
Fonction amine PKb> ph+2 -> forme NH3+
Chaine latérala acide
PKR environ = Ph par conséquent partiellement dissocié


Pourquoi enlève ton +2 et -2 ? Je crois que c'est parce que l'acide glutamique est un acide aminé basique. Je veux bien qu'on me valide.

Ensuite:
On trouve (COO-)/(COOH)=0,63
D'autre part COOH+COO-=1
donc COOH=1-COO-
COO-=0,63*(1-COO-)
COO-(1+0,63)=63
COO-=63/1,63=39%

Je ne sais pas comment on fait pour passer aux deux dernières lignes c'est à dire comment on trouve 63 puis 39%.Et pourquoi +1

Exemple 2:
De la sérine (PKa=2,16 et PKb=9,21) mis en solution à Ph=8 aura au moins 20% de sa forme anionique.

C'est pareil à la fin je n'arrive pas à passer au résultat.

Je passe le début.

On arrive ainsi

(NH3+)/(1-NH3+)=16,2
d'où NH3+ = 0,94
La charge anionique est donc -1+0,94=-0,06 soit 6%.

Comment on passe de 16,2 à O.94?
Et pourquoi +1?

Voilà encore merci de m'aider !
Par juliana le 03/11/2013 à 22h22 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
juliana
Membre
Pharmacie Montpellier
OK merci oeil j'ai compris !

Au fait, toujours sur les acides aminés (encore) ^^ il y a des exercices où je bloque tout le temps.
Si je pourrais avoir une dernière réponse j'en serais ravie !!

Par exemple:
De l'acide glutamique (PKa=1,7 ; PKb=9,8 et ensuite PKr=4,2 ) est mis en solution à Ph=4.
Quelle est la valeur de la forme anionique de l'acide aminé.?

Correction:
Fonction acide PKa<Ph-2 -> forme COO-
Fonction amine PKb> ph+2 -> forme NH3+
Chaine latérala acide
PKR environ = Ph par conséquent partiellement dissocié


Pourquoi enlève ton +2 et -2 ? Je crois que c'est parce que l'acide glutamique est un acide aminé basique. Je veux bien qu'on me valide.

Ensuite:
On trouve (COO-)/(COOH)=0,63
D'autre part COOH+COO-=1
donc COOH=1-COO-
COO-=0,63*(1-COO-)
COO-(1+0,63)=63
COO-=63/1,63=39%

Je ne sais pas comment on fait pour passer les deux dernières lignes c'est à dire comment on trouve 63 puis 39%.

Exemple 2:
De la sérine (PKa=2,16 et PKb=9,21) mis en solution à Ph=8 aura au moins 20% de sa forme anionique.

C'est pareil à la fin je n'arrive pas à passer au résultat.

Je passe le début.

On arrive ainsi

(NH3+)/(1-NH3+)=16,2
d'où NH3+ = 0,94
La charge anionique est donc -1+0,94=-0,06 soit 6%.

Comment on passe de 16,2 à O.94?
Et pourquoi +1?

Voilà encore merci de m'aider !
Par juliana le 03/11/2013 à 22h22 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Mathilde-b
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Alors pour l'exemple 1:
Déjà Attention l'Acide Glutamique E est un acide aminé Acide (tout comme D acide aspartique), car il a 2 fonctions acides carboxyliques et une fonction amine.
Ce sont les Acides Aminés K,L et H qui sont basiques.

En fait, on enléve pas +2/-2, c'est juste que
-pour ta fonction acide, si le PH est de 2 unités de PH au dessus du PKa (ce qui est le cas ici car PKa<(Ph-2=2)),la fonction acide carboxylique va être totalement dissociée cad qu'on aura 100% de forme COO-, donc une charge de -1 pour cette fonction.

-Pour la fonction amine, si le PH est de 2 unités de PH au dessous du PKb (c'est le cas ici car PKb>(PH+2=6)), la fonction amine est totalement non dissociée donc on a 100% de forme NH3+, donc charge +1.

-Enfin, pour la fonction acide carboxylique de la chaine latérale, le PH est très proche du PKb (il n'est pas à 2 unités au dessus, ou au dessous du PKb), donc tu vas avoir une partie sous forme de COOH et une partie COO-. Pour connaitre le pourcentage exacte de ces formes, il faut utiliser l'équation d'HH:
PH=PKr+log(COO-/COOH)
Donc tu as COO-/COOH=0,63
Or COO-+COOH=1, donc COOH=1-COO-. Tu remplaces alors COOH dans la 1ere équation ce qui fait:
COO-/(1-COO-)=0,63
COO-=0,63*(1-COO-)=0,63-0,63*COO-
COO-+0,63*COO-=0,63
Donc COO-=0,63/(1+0,63)=39%. Tu as donc 39% de coo-, donc charge (-1) et 61% de COOH (charge 0).

Ainsi, la charge totale est: +1-1-0,39=-0,39 (à verifier, j'ai pas la correction).


Exemple 2:
AA neutre donc il a
-une fonction acide: Le ph=8 est a 2 unités au dessus du PKa, donc fonction acide totalement dissociée donc on a 100% de COO-, donc charge -1.

-Une fonction basique: Ph proche du PKb, donc equation d'HH pour déterminer le pourcentage de forme NH2 et NH3+.
PH=PKb+log(NH2/NH3+)
On obtient NH2/NH3+=0,062, ce qui revient au meme que NH3+/NH2=16,2 (on prend l'inverse).
Or NH3++NH2=1 donc NH2=1-NH3+. On remplace dans la 1ere équation
NH3+/(1-NH3+)=16,2
NH3+= 16,2-16,2*NH3+
NH3+*(1+16,2)=16,2
NH3+=16,2/(1+16,2)=0,94
Tu as donc 94% de forme NH3+, donc 94% de charge (+1) et 6% de NH2.

La charge totale est: -1+0,94=-0,06.

Par contre pour ta question "pourquoi +1?" je ne vois pas de quoi tu parles dsl.

Voila, si tu as toujours des problèmes avec ce type d'exercice, n'hésite pas à passer en salle tuto rire
Bonne soirée
Par Mathilde-b le 04/11/2013 à 23h37 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
ineslailh
Membre
Médecine Montpellier
Salut, je relance rapido pour une precision.
Je suis ok avec ton dernier calcul mathilde sur l'exemple de la serine mais il etait plutot demandé de donner le pourcentage de forme anionique (si j'ai bien compris :))
Dans ce cas, il faut calculer le pourcentage de NH2 plutot puisque la forme anionique correspond en gros à : - de l'acide porte par COO- et 0 de NH2.
Pour zwiterrionique ca serait proportion de COOH et NH2 puisque zwiterrionique correspond à charge 0 (je sais pas si on peut vraiment dire ca, on s'embrouille avec pHi)
Pour cationique ca serait proportion de COOH et de NH3+ ce qui correspond a une charge + predominante.
Est ce que mon raisonnement est bon ? Si c'est le cas peux tu juste detailler le calcul de pourcentage de forme anionique dans le cas de la sérine (ci-dessus)?

J'te remercie d'avance, ca permettra de classer l'affaire sur les pKa, pHi, pKb...pour ma part :)
Par ineslailh le 05/11/2013 à 19h40 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Mathilde-b
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut,
Alors, on va garder l'exemple de la sérine:

-Pour la forme anionique: en fait dire que la charge=-0,06 ça signifie qu'il y a 6% de Sérine sous forme anionique. Ce que tu dis est exact aussi, puisque effectivement on cherche le pourcentage de serine ayant (COO- et NH2) donc à charge -1. Or on sait qu'on a 100% de COO- et 6% de NH2 donc en tout 6% de forme anionique. Dans le calcul que j'ai fais, j'ai calculé le % de NH3+, mais on sait que NH3++NH2=100%, donc NH2=1-NH3+ (donc ici 6%)

-Pour la forme neutre: Attention! Tu ne peux pas avoir COOH et NH2 car COOH se dissocie toujours avant NH3+ (Seules possibilités: COOH/NH3+, COO-/NH3+, COO-/NH2). Pour la sérine,à ce PH=8 la forme zwitterionique (Σcharges=0) est (COO-/NH3+), or on a 94% de NH3+ donc 94% de forme Zwitterionique.
En fait, pour en revenir à la charge, tu as à ce PH 94% charge 0 et 6% de charge -1 donc bien Charge totale=-0,06.

-Pour la forme cationique: à ce PH, on a aucune forme cationique.
Mais si dans un autre exemple de sérine à Ph=2,16
On a 100% de fonction NH3+ (car Ph est à plus de 2 unités de PH en dessous du PKb).
PH=PKa, donc il y a 50% de forme COOH et 50% de forme COO-.
Donc le pourcentage de la forme cationique (NH3+/COOH) est de 50%. Ce qui revient au meme que dire que
la charge totale=+1-0,5=+0,5.

Affaire classée? oeil Relance sinon :)

Ps: PHi= PH où la somme des charges =0 ( forme Zwitterionique)
Par Mathilde-b le 05/11/2013 à 21h51 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
juliana
Membre
Pharmacie Montpellier
Merci oui finis les acides aminés langue
Par juliana le 05/11/2013 à 22h05 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
ineslailh
Membre
Médecine Montpellier
Wahou ca c'est de la réponse de compet ! C'est officiel Lehmann c'est classé
Par ineslailh le 06/11/2013 à 00h23 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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