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[UE 1] Acides aminés | ... | TD Lehmann(Tuteurs remerciés)

Question

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adibou
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour,
Je bloque sur des items concernant le cours de Lahmann.
Alors, l'item c'est :" On retrouve chez une personne une concentration sanguine d'insuline de 80pmol/L. On peut estimer que cela correspond à 20% près à 0.45 microg/L de ce peptide"
C'est un peu bête mais je vois pas comment on fait la conversion..
C'est un peu pareil pour un autre item: "une concentration à 5% d'un peptide de poids moléculaire de 5600 Da correspond à 10% près à une concentration de 9mM."
Et, je ne comprends pas trop comment faut-il faire pour trouver la concentration d'un acide aminé quand on nous dit qu'il est mis à x%. Par exemple: "Soit un nonapeptide non cyclique qui est constitué uniquement d'un acide aminé protéinogène qui contient du sélénium. Ce peptide est mis en solution à 3% dans de l'eau. On en déduit que sa concentration (à 20% près) est de 22 microM."

Merci d'avance! :)
Par adibou le 01/11/2013 à 11h04 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Yasmin
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut,

Ces trois exemples sont des exercices qu'il est important de savoir résoudre, et on utilise toujours la même méthode. Je vais résoudre un de tes trois exemples pour que tu voies quelle est la technique, et après tu pourras faire de la même manière pour les deux autres :

"une concentration à 5% d'un peptide de poids moléculaire de 5600 Da correspond à 10% près à une concentration de 9mM."

Première chose, il faut comprendre à quoi correspondent les données :

- concentration à 5% d'un peptide : ça signifie 5g pour 100 mL, soit 50 g/L.
- si le poids moléculaire vaut 5600 Da, on aura : 5600 g/L équivaut à 1 mol/L (que l'on note 1 M). C'est une définition qu'il faut connaître.

Donc maintenant on peut résoudre l'exo :

On a une solution de concentration massique 50g/L, et on cherche à quelle concentration molaire cela correspond, sachant que 5600g/L correspondent à une concentration molaire de 1M.
C'est une règle de 3 : on aura concentration molaire = 1x50/5600 = 8,9.10-3 = 9 mM (ou 9 mmol/L si tu préfères cette notation)

Tu peux appliquer la même méthode pour tes 2 autres exemples, la subtilité étant parfois de calculer le poids moléculaire (PM)

Bonne continuation rire

Yasmin ABDERRAZIK
Tutrice simple en UE1 - TIG

Par Yasmin le 01/11/2013 à 11h31 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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adibou
Membre
Médecine Montpellier
Alors merci, c'est déjà beaucoup plus clair.. Mais, pourrais-tu me dire si le résonnement que je mène est correct?

Alors, pour le premier exo. On nous parle d'insuline, du coup le PM de ce peptide est 51*110=5610 Da. On a donc 5610 g/l qui correspond à 1mol/L.
Finalement, on aura 8*10^-12*5610=4.488*10^-8 g/L
(le "à 20% près" correspond juste a l'arrondi?)

Pour le dernier exo. Le PM est de 9*110=990 Da. Soit, 990g/L correspond à 1 mol/L.
On nous dit qu'il est mis en solution à 3%. Du coup, on chercher à savoir à quoi correspond 30g/L.
Finalement, on aura 30/990=0.0303mol/l
Je ne suis pas sur de ce résultat. Le fait qu'on nous précise qu'il est mis en solution dans de l'eau ne change rien? Et, le fait que la protéine soit cyclique ou pas?
Merci d'avance!
Par adibou le 01/11/2013 à 20h42 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Yasmin
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut,

Ton raisonnement est tout à fait correct, mais comme je te l'ai dit, la subtilité est de calculer ton PM quand il n'est pas donné.

Dans le cours, M. Lehman vous dit qu'un résidu d'acide aminé dans une chaîne a un PM d'environ 110 Da. Donc ton calcul pour le PM de l'insuline est exact (c'est une approximation de son réel PM évidemment). On aurait pu prendre en compte le fait qu'il y a 3 ponts S2 : 2 intercaténaires et 1 intracaténaire. Lors de la formation de ces ponts entre 2 cystéines, on perd 2 H, donc normalement le PM devrait être diminué de 3x2 Da. Mais vu que 110 Da est déjà une approximation, on ne tient pas compte de la différence de PM qui serait engendrée si on faisait les calculs avec PM = 51x110-3x2.

Ensuite je trouve 4,488.10-7 et non pas 10-8.

Pour le deuxième exo, là ton raisonnement est encore une fois correct, mais tu n'as pas tenu compte de toutes tes données pour calculer le PM ! (Si on te donne toutes ces hypothèses, c'est qu'il fait les utiliser !!)

Un nonapeptide non cyclique constitué uniquement d'un acide aminé protéinogène contenant du selenium : le seul acide aminé protéinogène contenant du selenium est la selenocystéine. Donc tu connais sa formule, et tu es capable de calculer son PM exact. (on te donne surement en début de TD le PM de chaque atome isolé) donc la ton PM sera : 3xPM(C)+ 7xPM(H) + PM(N) + PM(Se)+ 2PM(O).
Ce PM représente celui de l'acide aminé isolé, càd, non impliqué dans une chaîne peptidique.
Donc pour avoir le PM de ton nonapeptique tu fais : 9xPM(Selenocystéine) - nombre de liaisons peptidiques x PM(liaison peptidique).
Or tu sais que la formation d'une liaison peptidique est une déshydratation, on perd une molécule d'eau, soit 18 Da. De plus on te dit que le nonapeptide est NON CYCLIQUE, donc, tu auras 8 liaisons en tout (9 si on avait eu un nonapeptide cyclique).
D'où la formule : PM(nonapeptide) = 9xPM(Selenocystéine) - 8x18

Ensuite tu n'as plus qu'à refaire exactement le même raisonnement que ce que tu as fait précédemment, en remplaçant le PM de 990 Da par celui que tu auras calculé, qui sera lui un PM exact !

En espérant avoir pu t'aider lol

Yasmin ABDERRAZIK
Tutrice simple en UE1 - TIG

Par Yasmin le 02/11/2013 à 11h11 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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adibou
Membre
Médecine Montpellier
D'accord!
On ne nous donne pas le PM du sélénium, mais bon j'ai compris le résonnement heureux . Merci encore!

Par contre, quand on nous dit "à 20% près" par ex, cela correspond à l'arrondi?
Par adibou le 02/11/2013 à 14h34 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Yasmin
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Oui c'est l'arrondi rire

Yasmin ABDERRAZIK
Tutrice simple en UE1 - TIG

Par Yasmin le 02/11/2013 à 16h28 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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adibou
Membre
Médecine Montpellier
Ok!!
Merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre!!
Bonne soirée oeil
Par adibou le 02/11/2013 à 19h42 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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