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[UE 1] Métabolisme | ... | gestion de l'énergie(Tuteurs remerciés)

Question

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Alisee
Membre
Pharmacie Montpellier
Bonsoir, est-ce que quelqu'un pourrait me donner une définition claire de produits organiques (et du coup inorganiques) ..?
Et on passe bien du NADPH au NAD par une réduction..?
Merci :)
Par Alisee le 23/10/2012 à 18h08 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Marie-bioch
Tuteur simple
Pharmacie Montpellier
Bonjour Alisee :) ,

Premierement, la notion de 'produit organique' est issue du vivant, car ils constituent les plantes, les animaux, l'homme, en gros ils constituent la structure de tous les organismes vivants. En fait la notion de "produit organique" s'étend à tous les composés à base de carbone (pétrole, plastique, etc). Par opposition les produits minéraux ne seront pas a base de carbone.
EXEMPLES :
Organique : Oses (sucres), protéines, lipides. (Mais aussi pétrole..)
Inorganique: Sels minéraux: Cl,Na,K,Mg,Ca...


Pour ta seconde question, le NAD+ est préféré comme oxydant et NADPH comme réducteur. NADPH,H+ représente le pouvoir réducteur dont la cellule a besoin dans les réactions de biosynthèse réductrices. La formation de NADPH,H+ a lieu grâce à la voie des pentoses phosphates.

En espérant avoir correctement répondu à ta question.

Marie - Tutrice de biochimie- ATP

Par Marie-bioch le 23/10/2012 à 18h41 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alisee
Membre
Pharmacie Montpellier
D'accord, pour les produits organiques, mais du coup je ne saisis pas bien, diapo 6 du cours de S Mary; j'ai noté à côté que l'autotrophie correspondait au fait de pouvoir produire de la matière organique par réduction de matière inorganique, or sur le schéma l'O2 ainsi que les produits organiques sont obtenus à partir notamment de CO2 et si je m'en tiens à la définition d'un produit organique le CO2 contient du carbone donc n'est pas un produit inorganique... (je ne sais pas si je suis claire..)

Et pour ce qui est du NADH je me suis trompée dans ma question, je parlais du couple NAD/NADH (et pas NADPH) du coup, on obtient bien le NADH,H+ par réduction du NAD+ ?
Désolée pour l'erreur, :)
Par Alisee le 23/10/2012 à 19h18 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alex-Bioch
Tuteur simple
Pharmacie Montpellier
Bonsoir Alisée,

Il est difficile de donner une vraie définition de la matière organique bien que Marie en ait donné les grands principes. Les chimistes eux mêmes ont du mal à se mettre d'accord sur les critères de classification entre matière organique et inorganique.
La matière organique est la matière produite à l'issu des réactions de base du métabolisme (cf cours Intégration du métabolisme). Cette matière organique est formée en tout premier lieu par les autotrophes à partir de matière minérale retrouvée dans la nature. Ces produits organiques néo-synthétisés sont ensuite réutilisés par les hétérotrophes pour produire leur propre matière organique.
Pour expliciter cette difficulté à classifier la matière, tu remarqueras que CO2 et H2O sont deux substrats que l'on retrouve à la fois dans des voies métaboliques autotrophes et hétérotrophes (plantes et hommes). Ils sont utilisés tant comme substrats minéraux que substrats organiques.
Tu comprends alors que la limite est mince :-) On retrouve de la matière minérale et organique un peu partout et sont utilisées par tous les êtres vivants.

En ce qui concerne les coenzymes on obtient bien le NADH,H+ par réduction du NAD+ selon la réaction suivante
Image

Le NAD+ fixe un ion H+ et deux électrons sur le noyau nicotinamide. NAD+ est l'oxydant, NADH,H+ le réducteur

En espérant avoir répondu à ta question :-) Bon courage

Alexandre TROUILLARD - TS UE1 Biochimie & Biologie Moléculaire - UFR Pharmacie

Par Alex-Bioch le 23/10/2012 à 19h43 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alisee
Membre
Pharmacie Montpellier
Niquel, merci beaucoup, super explication! :) (et merci également à Marie heureux )
J'en profite pour te poser une deuxième petite question, sur la diapo 5 des planches récapitulatives sur les voies métaboliques, je comprend que le cycle de Krebs produit de l'ATP (2 en l'occurence puisqu'il y a 2 acétyl CoA) or sur tous les autres schémas (y compris dans les autres cours, mitochondrie notamment) c'est du GTP qui est produit et non de l'ATP.. Donc est-ce que Mme Mary a mis ça pour spécifier que ça équivalait à de l'ATP d'un point de vue énergétique ou bien est-ce qu'il y a réellement création d'ATP par le cycle de Krebs?
Merci :)
Par Alisee le 23/10/2012 à 22h06 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alex-Bioch
Tuteur simple
Pharmacie Montpellier
Pour répondre à ta question, le cycle de Krebs est stricto sensu producteur de GTP si tu regardes le cycle lui même. A celà deux remarques :

1/ D'un point de vue énergétique, tu sais que les nucléotides diphosphate et triphosphate sont riches en énergie notamment grâce à la présence de liaison anhydride d'acide dont l'hydrolyse libère -30,5 kJ/mol (cf cours Intégration du métabolisme). Donc GTP ou ATP on se fiche un peu de la base azotée puisque c'est la liaison anhydride qui est riche en énergie. Ils sont donc comparables.

2/ Néanmoins dans le cas du cycle de Krebs, il existe une "réaction croisée" qui aboutit à la formation d'ATP à partir du GTP formé. Je m'explique. Grâce à l'action d'une enzyme appelée Nucléoside Diphosphate Kinase (ou NDPK), ton GTP produit par le cycle de Krebs va donner généreusement un de ses phosphates, qui lui va aller se fixer sur un ADP pour donner une molécule d'ATP et régénérer le GDP. Tu auras donc la réaction suivant :
ADP + GTP ==> ATP + GDP

Si tu veux comprendre un peu mieux le cycle de Krebs et son importance métabolique pour la phosphorylation oxydative de la mitochondrie, suis le lien suivant :
http://www.fmed.ulaval.ca/bcx/bio_anim/cycle_krebs_02.html

Voilà, j'espère avoir été clair :-)

Alexandre TROUILLARD - TS UE1 Biochimie & Biologie Moléculaire - UFR Pharmacie

Par Alex-Bioch le 23/10/2012 à 22h37 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alisee
Membre
Pharmacie Montpellier
J'ai tout compris, merci beaucoup, et super l'animation ! :)
Mais je relance du coup, je me pose une nouvelle question; S. Mary a dit dans son cours qu'une molécule de glucose produisait 33 ATP, mais si on regarde les planches résumé, c'est plutôt 38 (2 lors de la dégradation de 1 glucose en 2 pyruvates, puis 2 par le cycle de Krebs et 34 par le biais de la chaîne respiratoire..) donc que doit-on retenir?..
Désolée et merci encore !
Par Alisee le 24/10/2012 à 15h45 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alex-Bioch
Tuteur simple
Pharmacie Montpellier
En réalité je pense qu'en disant ça Sophie MARY devait parler du nombre moyen d'ATP produits uniquement par la phosphorylation oxydative ! 33 ATP c'est une valeur moyenne...ou alors ce n'est pas de ça dont elle parlait :-)

En fait chez l'homme, le bilan en ATP issus de la chaîne respiratoire n'est pas tout à fait le même suivant les cellules. Certaines cellules auront besoin de beaucoup d'énergie donc produiront plus de 33 ATP (cellules musculaires notamment) alors que d'autre seront beaucoup moins ATP dépendantes.

Le bilan énergétique pour le catabolisme d'une molécule de glucose est :
- 2 ATP grâce à la glycolyse
- 2 ATP issus indirectement du cycle de Krebs (via le GTP)
- entre 30 et 35 ATP produits par la chaîne respiratoire sous contrôle des coenzymes réduits



On donne une moyenne à 36 ATP produits environ. On peut faire le calcul mais il faut s'entendre sur ce qui est cytosolique et ce qui est mitochondrial donc comptabilisé ou non...encore une question de consensus...

Je demanderai quand même à Sophie MARY si elle confirme cette valeur de son côté :-)

A bientôt pour une nouvelle question :-P

Alexandre TROUILLARD - TS UE1 Biochimie & Biologie Moléculaire - UFR Pharmacie

Par Alex-Bioch le 24/10/2012 à 17h24 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alisee
Membre
Pharmacie Montpellier
Merci beaucoup! S. Mary a raison quand elle dit que tu es un excellent tuteur ! haha merci pour toutes ces réponses en tout cas :)
Par Alisee le 24/10/2012 à 21h28 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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