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[UE 1] Lehmann | ... | Acides aminés(Tuteurs remerciés)

Question

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Sunnny
Membre
Médecine Nîmes
Bonsoir

Tout d'abord comment savoir si des peptides pourront facilement être séparés par chromatographie d'échange ionique?
Ensuite je voudrais qu'on m'explique le principe de la chromatographie d'exclusion.
Enfin j'ai une question en rapport avec estimation de la concentration d'un peptide. Par exemple pour un peptide PACES mis en solution à 0,2%. Le poids moleculaire moyen d'un peptide étant de 110 Da, on fait 5*110=550
On trouvera alors une concentration égale à environ 3,6 mM. Est-ce bon ou pas???
Par Sunnny le 06/10/2012 à 21h44 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Pour ta première question, je pense que ce lien t'aidera, j'avais expliqué en détail la chromato ionique: http://www.lafed-um1.fr/faq-afficher-1616.html.

Pour la chromato d'exclusion on va séparer les molécules en fonction de la TAILLE et de la FORME et donc de la MASSE. En fait tu mets un GEL DE FILTRATION avec des BILLES possédant des PORES assez petits.

Les grosses molécules ou les molécules qui ont pas la bonne forme vont pas pouvoir passer dans les pores donc vont mettre MOINS DE TEMPS à passer donc seront éluées(filtrées) EN PREMIER car elles passeront par la volume MORT(hors des billes) et pas par le volume des billes.

Les plus petites molécules vont passer dans les pores et vont donc mettre + de temps parce que la membrane des pores les freine donc elles seront éluées après! Conclusion plus le volume d'élution sera grand (c'est à dire plus on met de temps à récupérer la protéine) plus la protéine sera petite.

Pour ta 3eme question oui c'est ça qu'il faut faire (sauf que t'as écrit le poids moyen d un peptide est de 110 alors que c'est le poids moyen d'un acide aminé). Attention cependant si on te donne les poids des atomes, tu dois calculer le poids EXACT des acides aminés et ENLEVER le poids des H2O. Si on te donne pas le poids des atomes tu fais avec 110 et t'enlèves pas les H2O, comme tu l'as fait ici.

Voilà^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 07/10/2012 à 10h24 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Sunnny
Membre
Médecine Nîmes
Merci bcp pour ta réponse.
PS: Oui c'est bien poids moyen d'un acide aminé que je voulais écrire ( "faute d'inattention" )
Par Sunnny le 07/10/2012 à 11h20 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Sunnny
Membre
Médecine Nîmes
Bonsoir

CCB 2010/2011: QCM 11 item B

Un décapeptide composé de 4 résidus Cystéines (PM=121 Da) et 6 résidus glycine (PM=75Da)
peut avoir un PM total de 772Da.

Voilà je relance car je suis dans le cas où j'ai le poids de mes acides aminés mais je ne sais pas pourquoi on enlève 9 molécules d'H20.

Merci
Par Sunnny le 22/11/2012 à 18h14 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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CelineWake
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Bonsoir,
en faite quand tu as un enchainement d'acides aminés il faut enlever une molécule d'H2O pour chaque liaison.
En effet à chaque liaison peptidique formé tu perds un H20.
Ici tu as 10 acides aminés donc 9 liaisons :)

Céline Bruneau, tutrice stagiaire en UE1

Par CelineWake le 22/11/2012 à 18h59 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Plasty
Membre
Médecine Nîmes
Bonsoir je me permet de poser une question sur le même thème heureux

En sachant uniquement le nombre d'AA dans un peptide ou une protéine et que donc on utilise le PM de 110Da, est ce qu'il faut tout de même enlèver (K-1)*18Da pour chaque liaison, avec K le nombre d'AA , ou on considère que c'est inutile étant donné qu'on est déjà dans une approximation ?

Merci lol
Par Plasty le 22/11/2012 à 19h16 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Plasty
Membre
Médecine Nîmes
(K-1)*18 sur le poids total de la molécule pardon .. heureux
Par Plasty le 22/11/2012 à 19h19 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nanou
Tuteur responsable
Médecine Nîmes
Non car le PM moyen d'un AA (cad 110Da) prend déja en compte "l'enlèvement" de la molécule d'eau qui a servi à la formation de la liaison amide entre les AA d'un peptide

Tu dois enlever 18 Da que lorsque l'on te donne par contre le PM réel de chaque AA rire (cas ci-dessus de Sunny) pas pour le PM moyen

« Tutrice stagiaire en UE1 sur le site Médecine Nimes. »
- La Chimie c'est la Viiie ! -

Par Nanou le 22/11/2012 à 21h33 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Plasty
Membre
Médecine Nîmes
C'est bien ce que je pensais , merci Nanou heureux .
Par Plasty le 22/11/2012 à 21h55 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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CelineWake
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut, je précise juste un petit truc sur ma réponse. Il aime bien faire des peptides cycliques pour vous " piéger " dans le calcul du poids total. En effet avec un peptide cyclique il aurait fallu rajouter une liaison et donc enlever un H20 de plus. Je le dis car je sais qu'il aime bien les petits pièges un peu vicieux auxquels on pense pas forcément :)

Céline Bruneau, tutrice stagiaire en UE1

Par CelineWake le 23/11/2012 à 08h44 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Sunnny
Membre
Médecine Nîmes
Bonjour

Pourrai-je alors avoir un exemple du cas d'un peptide cyclique?

Merci
Par Sunnny le 23/11/2012 à 09h42 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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CelineWake
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Il le précisera pas explicitement mais par par exemple dans l'énoncé que tu as donné on pourrait dire :

Le décapeptide peut avoir un poids moléculaire total de 754 Da.

C'est vrai car si le peptide est cyclique il faut faire le calcul et enlever 10 fois 18 ( car il y a 10 liaisons, le premier peptide étant lié au dernier ).

Ou l'item pourrait être : le décapeptide a forcément un poids moléculaire de 772Da.

Et dans ce cas l'item serait faux ( car le PM peut être 754 Da ).

J'espère que c'est plus clair sinon n'hésite pas à relancer car c'est un piège assez courant.

Céline Bruneau, tutrice stagiaire en UE1

Par CelineWake le 23/11/2012 à 09h52 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Je précise qu il a déjà fait tomber un item comme te l'explique céline^^ le petit vicieux^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 23/11/2012 à 10h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Sunnny
Membre
Médecine Nîmes
Merci beaucoup heureux
Vraiment vous êtes géniaux
Par Sunnny le 23/11/2012 à 10h35 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Saori
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour ^^

Alors je relance car je ne comprends pas trop comment vous trouvez 754Da. Il ne faut pas faire 10*110-10*18=920Da ?

Merci d'avance
Par Saori le 04/12/2012 à 09h01 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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CelineWake
Tuteur simple
Médecine Montpellier
salut :)

en faite à la base on partait avc : 4 résidus Cystéines (PM=121 Da) et 6 résidus glycine (PM=75Da).

Du coup il fallait pas utiliser le PM de 110 Da mais ceux qu'on te donner.

De plus quand tu utilises 110 Da c'est le poids d'un RÉSIDU d'acide aminé ( avc la liaison déjà formée ) du coup tu ne dois pas enlever les 18 Da de H20.
Voila j'espère que c'est plus claire :) ( sinon relis tout depuis le début et tu comprendras surement mieux )

Bon courage !

Céline Bruneau, tutrice stagiaire en UE1

Par CelineWake le 04/12/2012 à 11h40 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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ManonPharma
Membre
Pharmacie Montpellier
Salut !

Donc en fait on peut jamais savoir le poids exact puisque tout peptide peut être cyclique ?
Par ManonPharma le 04/12/2012 à 14h34 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Celine
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut !=)

Tu peux connaitre le poids exact d'un peptide sachant si celui-ci est cyclique ou non. Si Lehmann vous pose un item en vous demandant le poids exact d'un peptide, il vous précisera si ce peptide est linéaire ou cyclique (ou alors si ce n'est pas précisé, tu ne pourras effectivement pas connaitre son poids exact (--> réponse de CélineWake plus haut)).

J'espère que c'est plus clair !=)
Bon courage !!
Par Celine le 04/12/2012 à 15h20 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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ManonPharma
Membre
Pharmacie Montpellier
Oui d'accord, merci !! :)
Par ManonPharma le 04/12/2012 à 15h42 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Saori
Membre
Médecine Montpellier
Autant pour moi !!

Merciii de nous consacrer autant de temps avec vos réponses si complètes ^^
Par Saori le 04/12/2012 à 17h47 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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