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[UE 1] Les acides aminés | Propriétés ionique des aa. | Différence Pkr et Pka.(Tuteurs remerciés)

Question

...
Plasty
Membre
Médecine Nîmes
Bonjour =)

J'ai une petite question.
Dans le poly , il est écrit "Dans une protéine, un résidu histidine possède un pKr (synonyme de pKA) de 6,0." lors d'une application.

Sauf que j'étais en train de regarder quelques qcms sur le site et il y a une question avec " Soit une solution de D à pH=2 (pKa=2 ; pKr=3,9) "
C'est pas les mêmes valeurs :(
Je me suis un peu renseigné sur internet et j'ai trouvé que c'était pour la chaine latéral de l'aa.
Voilà la question sur laquelle je débouche :

Comment savoir quand utiliser Pka ou Pkr dans une question ? Quelle est la vraie différence ?

Merci d'avance :))
Par Plasty le 30/08/2012 à 16h09 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Nanou
Tuteur responsable
Médecine Nîmes
Le pKR correspond au pH de demi dissociation de la fonction acide (COOH) ou amine (NH3+) de la chaîne latérale. (A savoir que tout les AA n'ont pas forcément de Pkr..)

Le Pka correspond au Ph de demi dissoc de la fonction acide de l'acide aminé

Donc le pkr est le pka de la chaine latéral en quelques sorte. D'où le "synonyme"
Le synonyme ne veut pas dire pka = pkr en tout point mais veut dire qu'ils sont semblable, ils ont la meme définition mais ne correspondent PAS au meme fonction (l'un pour le R l'un pour l'acide). Ici dans le poly on n'avaient pas définit ce que voulait dire Pkr auparavant d'où cet parenthèse..
(PS : Résidu R = chaine latéral)

Pour savoir quand utiliser l'un ou l'autre, sa dépend de ce qu'on te demande dans la question :

Absolument à savoir : La dissociation d'une fonction (COOH, NH3 ou R) possédant un Pk a lieu à un Ph compris dans l'intervalle :
pk-2 (début de la dissoc) < pk < pk+2 (fin dissoc)
(en dessous de mes "<" ">" imagine qu'il y a un trait car c sup/inf ou EGALE...)



-Pour le qcm du SPR :
Ici il faut visualiser la dissoc de la chaine latérale de l'histidine cme la dissoc d'une fonction Nh3+ (on a soit une forme ionisé chargé + ou une forme non ionisé non chargée)

Dans l'énoncé tu vois que l'on est à Ph 7 pour un Pkr de 6
Donc le NH3+ de la chaine est PARTIELLEMENT dissocié !

Pour savoir à quel % on a sa forme ionisé (chargé) et non ionisé il faut donc faire un calcul
Jte le détaille pas il est bien écrit sur le poly mais si t'a un soucis avec jle reprend ;)


-Pour le qcm dont tu m'parle (je vois c'est lequel, Q2 S5), c'est différent:

On est à ph 2 avc un pka de 2 et un pkr de 3,9.

T'a meme pas besoin de connaitre le Pkb de l'AA pour savoir que de toute facon avec un Ph aussi bas, le NH3 sera totalement dissocié, (les Pkb sont plus élevé) donc sous la forme NH3+
Ici tu vois que le Pka = Ph. Sachant la définition du pka (cf ci dessus) tu auras donc 50% de COO- et 50% de COOH. Donc -0,5 de forme chargé
Par contre pour le Pkr, il sera PARTIELLEMENT dissocié, puisque il est pas supérieur a 2 unité au dessus du Ph, d'où un calcul à faire.. (formule de Handerson-Hasselbach)

Pour connaitre la charge globale de ton AA tu fais donc la somme des charges (acide/basique/R) :)



Donc pour en revenir à ta question de départ sa dépend vraiment de c'quon te donne comme valeur dans l'énoncé, et des formes qui ne font pas entièrement dissocié (selon l'échelle Pk avec la grosse ampoule que jt'ai donné)


C'est plus clair?

« Tutrice stagiaire en UE1 + TIG sur le site Médecine Nimes. »
- La Chimie c'est la Viiie ! -

Par Nanou le 01/09/2012 à 12h30 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Plasty
Membre
Médecine Nîmes
Ca c'est de la réponse de luxe . Merci beaucoup , tout est clair maintenant dans ma tête :))

Bon dimanche =)
Par Plasty le 01/09/2012 à 23h58 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Plasty
Membre
Médecine Nîmes
Oups desolé , j'ai relancer au lieu de remercier :(.
Par Plasty le 02/09/2012 à 00h02 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
Salut

quand tu dis 2 sous unité de ph ça correspond juste a une valeur numerique ? genre 3,9-2=1,9 environ = 2 ?
ou cest quoi 2 unité de ph ?
desole merci
Par Dingo le 28/10/2012 à 17h32 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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CelineWake
Tuteur simple
Médecine Montpellier
En effet 2 unités de pH correspond juste à la valeur numérique :) Si par exemple tu as un pH de 7 et que le pKa est de 3 tu es à plus de 2 unités du pKa ( 3+2=4 ) donc ta fonction sera totalement ionisée.

Céline Bruneau, tutrice stagiaire en UE1

Par CelineWake le 28/10/2012 à 17h40 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
Merci :D
Par Dingo le 31/10/2012 à 09h35 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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