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[UE 1] Les protides/Peptides | Structure | Contraintes -->pour stucture secondaire(Tuteurs remerciés)

Question

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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour

Je voudrai savoir si il est obligatoire d'y avoir des contraintes (encombrement stérique des differents subsitutants, liaisons hydrogènes, etc ) pour arriver à une structure secondaire ? ou meme si sans, elle se déroule ?

merci
Par Dingo le 26/08/2012 à 17h42 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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antoine
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut,

C'est justement ces "contraintes" qui sont responsables des structures secondaires (et tertiaire, et quaternaire, puisque chaque structure dépend des structures précédentes) : ce sont toutes les liaisons faibles telles que hydrogènes, électrostatiques, hydrophobes... mais aussi les liaisons de coordination, les ponts disulfures... qui lient les acides aminés entre eux (en dehors de la chaine de liaisons peptidiques qui font partie de la structure primaire).
Et comme tu peux t'en douter, la structure secondaire étant caractérisée par une structure tridimensionnelle particulière, l'encombrement stérique des chaînes latérales (c'est à dire la place qu'elles prennent dans l'espace) est nécessaire pour caractériser la structure secondaire.
De toute facon , ces contraintes seront toujours présentes dans une chaine d'acides aminés, car il y aura toujours des intéractions entre les chaines latérales.
Par antoine le 26/08/2012 à 17h57 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
D'accord c'est un peu plus claire, et à ce moment là, à partir de quel moment les interactions stabilisantes entre en jeux ?

Merci beaucoup
Par Dingo le 26/08/2012 à 18h02 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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d'Allemagne
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Salut,

Dans le cours de Mr. Escale (si tu l'a déjà vu); on te dit qu'une molécule a tendance a être dans la conformation la plus "énergétiquement favorable". C'est ce qui donne les structures secondaires les plus probables à ta protéine. De plus les liaisons faibles permettent de stabiliser certaines de ces conformations qui seront donc celles majoritairement retrouvées.

En ce qui concerne le coude: il est favoriser par la structure primaire. En effet c'est le résidu proline qui est majoritairement retrouve dans cette structure et qui lui donne cet aspect.

J'espère que sa t'a aider.

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Maxime DALLEMAGNE.
DFGSM2 UFR Médecine Montpellier
Tuteur Stagiere UE1 Chimie, Biochimie
Tuteur Stagiere UE TIG
Tel: 06 13 52 01 23
Mail: maxim.dallemagne@gmail.com

Par d'Allemagne le 26/08/2012 à 18h03 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour,

Quand tu dis que le coude est favorisé par la structure primaire, c'est parce qu'elle a eu lieu avant c'est bien ça ? Mais il est formé en structure secondaire en finalité c'est bien ça ?

Sinon pour une molécule, le niveau énergétiquement parlant le plus stable, c'est le niveau de plus basse énergie ? (vu qu'on nous dit que pour la structure tertiaire la protéine cherche à atteindre ce niveau là)

Et enfin pour les liaisons simples dont tu parles, tu parles de liaisons sigma ? les liaisons stabilisantes comme les interactions de coordinations, les ponts disulfures, les interactions hydrophobes, les liaisons électrostatiques sont donc des liaisons sigma, soit des lisaisons hydrogènes ?

Merci pour ta réponse
Par Dingo le 26/08/2012 à 18h15 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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d'Allemagne
Tuteur simple
Médecine Montpellier

Alors:

En ce qui concerne le coude: Oui les liaisons entre les AA se réalisent avant que la protéine termine de prendre sa conformation. Comme te l'a dit Antoine la structure secondaire dépend de la structure primaire, je n'est fait que préciser en te donnant l'exemple du coude. Les structures de dernier ordre dépendent des ordres inferieurs.

Pour ta deuxième question: Oui c'est la plus basse énergie qui est le but à atteindre pour toutes les structures.

Ta troisième question concerne Antoine, l'autre Tuteur qui ta répondu. Je lui laisse le soin de t'expliquer.

-------------------------------------------
Maxime DALLEMAGNE.
DFGSM2 UFR Médecine Montpellier
Tuteur Stagiere UE1 Chimie, Biochimie
Tuteur Stagiere UE TIG
Tel: 06 13 52 01 23
Mail: maxim.dallemagne@gmail.com

Par d'Allemagne le 26/08/2012 à 18h29 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Dingo
Membre
Médecine Montpellier
Okay merci beaucoup !

et j'atttends sa réponse alors .. ! :)
Par Dingo le 26/08/2012 à 19h23 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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antoine
Tuteur simple
Médecine Montpellier
je te conseille vraiment de revoir le cours sur les liaisons de chimie générale.
Une liaison sigma est par définition une liaison covalente, c'est à dire un partage d'électrons entre deux atomes. C'est ce type de liaison qui forme les molécules. Il ne faut surtout pas les confondre avec les liaisons faibles, qui elles peuvent être intermoléculaires. Les liaisons faibles sont les liaisons électrostatiques de type charge-charge, charge-dipole, dipole-dipole (par exemple la liaison hydrogène), dipole-dipole induit... ainsi que les liaisons hydrophobes.
Au contraire les ponts disulfures (liaison covalente entre les fonctions thiol de 2 cystéines) et les liaisons de coordination (liaisons datives avec un ion métallique) sont des liaisons covalentes entre 2 acides aminés mais qui ne font pas partie de la chaîne peptidique.

Il peut donc y avoir 2 type de liaison entre acides aminés (hors les liaisons peptidiques qui forment la chaine) : des liaisons covalentes et des liaisons faibles
Par antoine le 27/08/2012 à 20h03 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Didi
Membre
Médecine Nîmes
Auteur : antoineC'est justement ces "contraintes" qui sont responsables des structures secondaires (et tertiaire, et quaternaire, puisque chaque structure dépend des structures précédentes) : ce sont toutes les liaisons faibles


du coup sa serait bien faux de dire QUE les liaisons faibles non? il y a aussi des liaisons covalentes qui participent à la force et aux contraintes de ses structures c bien sa?

Merci beaucoup :)
Par Didi le 27/08/2012 à 23h38 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Celine
Tuteur simple
Médecine Montpellier
En effet il y a à la fois des liaisons faibles (liaisons hydrogènes) et des liaisons covalentes (pont di-sulfure) qui participe à la structure finale d'une proteine.
Bon courage pour la suite !=)
Par Celine le 10/09/2012 à 19h20 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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agatoune_34
Membre
Médecine Montpellier
Justement à propos de la structure secondaire, j'ai une question que va pet-être paraître un peu bête mais bon ^^ : peut-on considérer que les hélices alpha et feuillets bêta sont la conséquence d'une seule contrainte (liaisons hydrogènes) ou alors de toutes les contraintes ? Parce que sur le schéma, il n'y a que les liaisons H qui sont spécifiées... Merci :)
Par agatoune_34 le 25/10/2012 à 16h07 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Bonjour heureux

Non la structure secondaire est une résultante de TOUTES ces contraintes: liaisons hydrogènes, interactions électrostatiques, le volume des chaînes latérales, le nombre de résidus proline...

Certes en exemple il n'en cite qu'une mais ça ne veut pas dire qu'il y a que celle là!

Par exemple si t'as des résidus proline ça va faire des COUDES donc empêcher de faire une hélice α classique, ce sera bien une hélice mais non α.

De même si t'as trop de tryptophane donc des trop gros acides aminés tu comprends bien que la structure de l'hélice α sera différente d'une hélice comprenant que des petites acides aminés prenant moins de place!

Pareil si t'as que des acides aminés basiques (donc chargés + dans le corps humain) les charges + vont se repousser donc l'hélice alpha sera moins bien formée!

Voilà tout ça pour te dire que pour créer une bonne hélice alpha il ne suffit pas d'avoir des contraintes liées aux liaisons hydrogène, il faut aussi plein d'autres paramètres permettant ces contraintes!^^

C'est bon?^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 25/10/2012 à 18h00 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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agatoune_34
Membre
Médecine Montpellier
D'accord c'est bien plus clair merci beaucoup :)
Bonne soirée !! :)
Par agatoune_34 le 25/10/2012 à 19h26 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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