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[UE 1] Cornillot/Traduction | Tout | Tout(Résolue)

Question

...
Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Bonjour,

Donc un bon paquet de problèmes avec Cornillot, je suis désolée pour ce post un peu monstrueux confus !


1) Pourquoi écrit-il dans son poly :

« Mutation synonymes = changement 2ème ou 3ème base du codon »

C’est le 2ème qui me gêne, parce que j’ai épluché le code génétique, et je trouve pas d’aa codé par plusieurs codons qui diffèrent uniquement par la 2ème base … (par ex la sérine y’a la 1ère, la 2ème et la 3ème qui peuvent bouger, mais jamais la 2ème seule)



2) Bon toujours même style :

Comment se fait-ce qu’il y aie possibilité d’avoir la première base du codon qui change (ma question est aussi valable pour la 2ème base), et toujours le même acide aminé traduit ?? Parce que à ma connaissance (peu étendue, je l’avoue), le wobble ne se fait que sur la 3ème base du codon, non ?



3) Petite question, sûrement un peu bête :

Si on nous file un condom (hihi) UCA et un anticodon CGG, le wobble sera G-A ou C-A ?
Je veux dire, l’anticodon est-il déjà écrit 3’-CGG-5’, auquel cas on n’a plus qu’à « superposer » les trucs et ce sera G-A, ou bien il est écrit comme d’hab 5’-CGG-3’, et on doit « inverser » pour superposer, et ce sera C-A … ?



4) Y’a un truc que je comprends pas trop dans sa diapo :

Pourquoi diable écris-t-il ARN^(ala/GGC) alors que la séquence de l’ala-ARNt c’est 5’-CGC-3’ (c’est écrit juste à côté) ? Erreur de frappe de sa part, ou de compréhension de ma part rire ?



Image





5) Combien a-t-on d’ARNt au final ??

Parce que, si j’ai bien compris:

-Si toutes les règles du Wobble sont suivies, on devrait avoir 32 Anti-codons, donc 32 aa-ARNt.
-En réalité il n’y a pas autant de Wobble que possible, et on a 48 anti-codons représentés, et donc 48 aaARNt.
-Mais y’a aussi le fait que suite à une mini-modification d’un aaARNt (sur une seule base), on peut avoir plusieurs aaARNT légèrement différents portant le même anticodon(ça il le dit à l’oral).

So … ?



6) Ensuite, pourquoi est-ce qu’il y a marqué « maturation par endonucléases » sur une petite flèche qui montre le passage à un ARNt + court dont les extrémités 5’ et 3’ ont été virées ?
J’aurai mis exonucléase plutôt, et ensuite endonucléase pour passer à un ARNt avec une boucle anticodon + petite, non ?


Image






7) Il écrit « Maturation des pré-ARNt : épissage intron sur certain ARN », et il le remet sur son schéma (celui que j’ai mis juste avant).
Or, à l’oral, il dit qu’il n’y a pas d’épissage sur les ARNt (48min22 1ère vidéo) ! Donc que retenir rire ?


8) Comprends pas trop ce que Coco veut dire dans cette phrase :

« la majeure partie du travail pour passer d’un code à 3 lettres à un code à 20 lettres a été effectuée . »

C’est le code à 3 lettres qui me pose problème, je vois pas trop à quoi il fait référence, parce que s’il parle des bases comme je le pense (et pas des codons), ce ne serait pas plutôt un code à 4 lettres ?



9) Ensuite, il dit que l’ARNti interagit uniquement avec le site P.
Mais comment fait-il pour se barrer après ???
Est-ce qu’il voulait juste dire qu’il ne peut être recruté qu’au niveau du site P, mais qu’en fait il va quand même interagir après avec le site E pour partir … ?

Si c’est ça, et que par exemple on a un item :
« l’ARNti interagit uniquement avec le site P » , que pensez-vous qu’il faille mettre rire (même si c’est marqué cash dans le cours, j’hésite quand même à répondre vrai)?



10) Je comprends pas trop cette « phrase » du poly :

« - ARNti Modifications spécifiques
Reconnu par Met aminoacyl-synthétase »

Est-ce que ça signifie que pour Cornillot, l’ajout du formyl se fait grâce à la Met synthétase (il est pas hypra clair à l’oral, pour moi du moins)??
Ou simplement que pour le couplage, l’ARNti est reconnu par la Met synthétase, puis qu’on a ajout du formyl par la Met formyltransférase (merci Wikipédia !) ?

C’est surtout pour savoir si le prof dit un truc différent d’internet, ou bien si les 2 disent la même chose et que j’ai mal compris ^^ !


11) Est-ce qu’il y a une « bascule » des bases ou un truc du genre pour l’interaction entre la séquence Shine-Delgarno et l’ARNr 16S de la petite SU du ribosome?
Ou bien c’est juste parce que cette interaction est représentée comme ça sur le schéma ?

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Voilà, je bénis d'avance celui ou celle qui aura la foi de tout lire rire !

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 16h32 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Wow t'as pas fait les choses à moitié XD bref:

1) Oui effectivement un changement que de la 2eme base existe pas, mais c'est pas vraiment ça qu'il veut que tu comprennes. Ce qu'il veut te dire c'est qu'un changement (dû par mutation) du 2eme (forcément accompagné d'un changement du 3eme) nucléotide d'un ARNm peut ne pas faire un changement d'acide aminé. Un changement du 3eme nucléotide uniquement d'un ARNm peut ne rien changer à l'acide aminé. Alors qu'un changement de premiere base change obligatoirement l'acide aminé. Ca veut dire que le wobble qui agit que sur les 3emes bases de l'ARNm va donc entraîner des codons synonymes c'est à dire le même acide aminé. Le changement du 2eme se fait aléatoirement une fois le la changement du 3eme par le wobble.

2)T'as moins d'acides aminés que de possibilités de codons (grâce au wobble et au changement plus ou moins aléatoire du 2eme en fonction du wobble) donc forcément plusieurs codons doivent coder pour un même acide aminé pour que tous les codons codent. Mais des acides aminés différents ne peuvent pas avoir le même codon.

3) et 4) Il y'a un truc que t'as pas pigé c'est que quand on te précise pas les emplacements des extrémités, on sous entend que à gauche c'est 5' et à droite 3' (c'est le sens universel). Et un anticodon s'apparie à un codon par complémentarité donc en sens inverse. Cela explique le 4):
5'GCG 3' => ARNm
3'CGC 5' => ARNt
Dans cet exemple t'as pas de wobble, c'est un appariement classique.

5) Y'a 100 ARNt différents chez l'Homme environ, 48 dans le noyau (31 normaux + ceux avec wobble), 22 dans la mitochondrie et 30 autres dûs aux mini modifications.

6)Non c'est bien une endonucléase. Une endo coupe vers le milieu donc coupe UN FRAGMENT EN UNE SEULE FOIS. Une exonucléase coupe UN SEUL NUCLEOTIDE A LA FOIS (celui qui est aux extrémités) mais si elle arrête pas de couper au final ça va enlever plein de nucléotides donc arriver au même résultat qu'une endo.

7) Retiens qu'il y en a mais que c'est rare, en général y'a que maturation. Il parlait du cas général à l'oral.

8) Ben la traduction c'est le passage d'un codon (3 lettres) à un acide aminé (20 lettres car 20 acides aminés). C'est aussi le passage d'un ARNm (4 lettres car 4 bases A,U,C,G) à un acide aminé (20 lettres).

9)Non il interagit bien qu'avec le site P lorsqu'il n y a encore que la petite SU, puis se barre, puis la grosse SU se fixe. En gros la grosse SU le gêne pas, elle est pas là, donc il est pas bloqué donc pas besoin de passer dans le site E.

10)Je suis d'accord avec wiki langue et oui cornillot voulait dire ça

11) J'avoue que je sais pas si c'est toujours comme ça, pour moi ça peut former une boucle comme sur le schéma (pour faciliter l'interaction) mais ça peut très bien pas en former.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 23/11/2011 à 20h47 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
D'abord merci beaucoup pour tes réponses, mais j'en ai juste une petite dernière (jamais 11 sans 12) :

Pour ma question 8, tu dis codon= 3 lettres, et là OK,ce qui m'embêtait c'est qu'il disait code à 3 lettres !
Pour moi, un codon c'est un groupe de 3 lettres, formé grâce à un code à 4 lettres !

Oui, bon, c'est un peu du pinaillage, mais je voulais savoir si il fait la distinction entre les 2 (je sais que t'es pas dans la tête de Coco, mais ton avis me suffira rire ) ?

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 21h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Ben je sais même pas si c'est écrit dans le cours ou si il a dit ça à l'oral, parce que à l'oral il est souvent très imprécis quand il emploie ses mots. Tu as sûrement raison pour ta pinaillerie, maintenant que j y réfléchis c'est plus juste. Si il l'a juste dit à l'oral retiens ta pinaillerie car c'est ça, si c'est écrit bah c'est la merde XD.

Sinon t'as bien pigé mes autres réponses? (celles avec le wobble sont complexes à comprendre)

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 23/11/2011 à 21h20 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Il l'a dit à l'oral, me voilà sauvée rire !

Concernant le wobble c'est bon, mes problèmes avec ça portaient surtout sur des petits machins du poly (du genre il a mis un C à la place d'un G, c'était ma question 4), rien d'hyper important quoi ^^!

Et pour le reste, c'est bon aussi :) !

En tout cas, merci beaucoup beaucoup beaucoup !

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 21h57 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Je viens de regarder le petit bout de la vidéo concernant ma question 6), parce que j'avais vraiment un souvenir d'exonucléases, et c'est effectivement ce qu'il dit à l'oral. Donc il s'est trompé ?

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 22h06 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Je suis désolée de relancer (déjà ???), mais je crois que t'as mis ma question résolue juste au moment où je mettais un nouveau post, donc je sais pas si tu l'as vu :s !

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 22h53 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
En fait y'a une exonucléase dans la maturation, et une endonucléase dans l'épissage, tu fais bien de relancer, il s'est encore planté comme d'hab (je hais cornillot, obligé de refaire le cours à sa place sur les forums...) Donc je pense que c'est intombable vu qu'il s'est planté.

Mais t'as bien compris ce que j'ai dit sur endo/exo? tu peux très bien avoir le même résultat qu'une endo avec une exo. Si t'as qu'un nucléotide coupé en tout, c'est forcément une exo, si plusieurs nucléotides ont disparu, tu pourras pas savoir si c'est une exo ou une endo si on te le précise pas (d'où mon erreur avant parce que je pouvais pas deviner). Le résultat est le même, c'est la façon de faire qui est différente (l'endo coupe une fois alors que l'exo doit intervenir plusieurs fois pour le même résultat)

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 23/11/2011 à 23h06 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
OK, super, c'est bon j'ai compris la différence endo/exonucléase !
Merci beaucoup rire

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 23h21 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
désolé encore pour les erreurs d'explication, entre mes cours de P2, les erratas des profs que je peux pas trop deviner et tout c'est chaud...

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 23/11/2011 à 23h28 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Entre les erreurs des tuteurs et celles des profs, franchement on est pas sortis...

Je déconne, je comprends, et puis bon vu comment tu t'impliques dans le tuto je pense pas qu'on puisse te reprocher quoi que soit, je serais bien dans la merde si vous étiez pas là rire !

Bref, bonne soirée, je retourne à mes polys (et merci encore) !

:).

Par Coline- le 23/11/2011 à 23h36 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Désolée je rerelance, pour la différence endo/exonucléase :

J'ai été en séance ce midi, et on m'a dit que exo=à partir des extrémités, et endo=au milieu (c'est ce que je pensais au début).
Donc du coup j'ai posé la question à propos la définition que tu m'avais expliquée, et apparemment ben c'est pas ça ...
J'ai peut-être mal compris ce que tu m'avais dit, mais dans tous les cas je suis un peu perdue, est-ce que tu pourrais (encore une fois) m'éclairer de ton savoir rire ?

:).

Par Coline- le 24/11/2011 à 19h26 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Si si c'est ça
Va voir la définition:
www.mediadico.com/dictionnaire/definition/exonuclease/1

et la vidéo dont je t'ai mis le lien, va voir vers la 43eme seconde, tu verras des exonucléases qui coupent un à un les nucléotides à pertir des extrémités.
http://www.youtube.com/watch?v=jRGPxuo0H30

Je suis plus que sûr de moi. Une exonucléase peut couper un nucléotide mais elle peut aussi en couper plusieurs à la suite(mais un à la fois). Une endo coupe une seule fois au milieu et libère des fragments (c'est le cas par exemple des enzymes de restriction qui sont des endonucléases, et qui libèrent des fragments appelés fragments de restriction)

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 24/11/2011 à 19h36 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Cette vidéo est géniale, j'en comprends même pas le quart, mais c'est bien fait rire !

Et donc en fait la définition c'est ça ?:

exo= bouffe 1 nucléotide à la fois à partir d'une extrémité

endo=vire un bout entier en 1 fois, à partir du milieu

:).

Par Coline- le 24/11/2011 à 19h43 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Quel tuteur t'a dit ça? que je l'engueule?^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 24/11/2011 à 19h43 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Je connais pas les noms des tuteurs, mais il est également possible (et probable même) que je me sois mal exprimée en leur posant la question rire !

Bon en tout cas merci beaucoup, si c'est bien ce que j'ai marqué dans mon post juste avant, alors j'ai compris :) !

:).

Par Coline- le 24/11/2011 à 19h48 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Oui c'est ça, donc l'exo peut très bien en couper qu'un (par exemple dans l'activité exonucléase des polymérases, elles coupent que celui qui va pas qu'elles viennent juste de créer) mais elle peuvent en couper plusisurs à partir de l'extrémité (un à la fois)

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 24/11/2011 à 19h53 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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