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[UE 1] Cornillot | Traduction | ARN de 4 lettre décomposé en groupe de 3 lettres(Résolue)

Question

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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Salut,

Cornillot dans son premier cours sur la traduction dit que :

"L’ARNm qui s’écrit en 4 lettre est décodé en grpe de 3 lettres, c'est le Codon "

Et j'ai du mal a voir comment on découpe un truc de 4 lettre en groupes de 3 lettres ^^

merci d'avance :)
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 16h23 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Les 4 lettres dont il parle c'est les 4 bases possibles dans l'ARNm: A,C,G,U. A partir de ces 4 bases, tu peux former des codons à 3 lettres.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 16/11/2011 à 20h18 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier

Merci !

Quand il dit:

"ARNt synthétases
aa + ARNt -> aa-ARNt
Ribosomes
ARNm + aa-ARNt -> Peptide"

"aa" correspond à aminoacyl ou a un acide aminé ?
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 20h39 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Quand aa est tout seul c'est "acide aminé", un acide aminé lié par fonction ester devient aminoacyl donc le 2emme aa c'est aminoacyl ARNt.
Si tu veux je l'ai expliqué dans l'autre question résolue sur Cornillot "aminoacylARNt"^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 16/11/2011 à 20h44 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
C'est niquel, merci =)
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 21h39 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Ah si, encore une question ^^
Dans le premier cours, je sais pas si t'as accès à la vidéo, a 55'35' il dit:
" L’anticodon, c’est-à-dire les bases de l’anticodon vont interagir avec certains AA, ici de l’Aminoacyl-ARNt synthétase pour assurer une correspondance entre l’AA et ici, ce qui sera censé être la partie qui reconnaitra sur l’ARNt le codon sur l’ARNm "
( il est en train de décrire un schéma )
Donc il s'est embrouillé, et j'ai pas réussi à cerner ce qu'il voulait dire
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 22h02 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Oui sa phrase est pas française il s'est embrouillé. En gros il voulait dire que l'acide aminé interagit avec l'ARNt (qui porte l'anticodon) grâce à une ARNt synthétase qui les unit, et ce complexe formé (aminoacylARNt) permettra de reconnaître le codon de l'ARNm, et ainsi donner l'acide aminé correspondant.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 16/11/2011 à 22h09 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Merci beaucoup =)
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 22h11 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Again !

Il dit "Le ribosome = tête de lecture, mais la traduction a été réalisée au moment de la synthèse de l’Aminoacyl-ARNt synthétase."
mais:
1) La traduction, c'est pas censé être juste la traduction de l'ARNm en Protéine par le ribosome ?

2)Du coup comment s'appelle toute cette phase de synthèse de l’Aminoacyl-ARNt synthétase ?

3)l’Aminoacyl-ARNt synthétase, il fait que dire que c'est une molécule ( alors que c'est un enzyme ? ), et d'après ce que j'ai compris, elle résulte de toutes les modifications chimiques réalisées sur l’ARNt, et d'un couplage entre l’ARNt et l’AA.
Alors qu'en fait, elle est pas là pour catalyser l'estérification des AA en 3' de l'ARNt ? ces 2 définitions se contredisent..

J'ai un peu du mal avec la chronologie de tout ce système si tu pouvais m'aider à y voir plus clair :)
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 22h34 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Je crois qu'il est tard et que tu t'embrouilles pour rien. L'ARNt synthétase est une enzyme mais une enzyme est une molécule... Elle prend l'acide aminé et l'amène vers l'ARNt pour lier les deux.

Il considère que dès que la synthétase entre en action t'as le début de la traduction, ça enclenche la traduction, mais la traduction en elle même c'est bien la transformation ARNm en protéine.

Ce que t'as dit sur le couplage et les modifs chimiques est completement faux, revois Sieso, une enzyme n'est pas du tout formée des substrats qu'elle utilise, c'est pas du tout formé d'arnt et d'acide aminé, ça catalyse la transformation des acides aminée et de l'ARNt en aminoacylARNt

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 16/11/2011 à 22h48 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Ok ok, merci, concernant ce qui est totalement faux,il a dit mot pour mot :
"une fois que ce couplage anticodon/AA est fait, la majorité du travail a été réalisé pour passer d’un code à 3 lettres, à un code à 20 lettres. Le ribosome = tête de lecture, mais la traduction a été réalisée au moment de la synthèse de l’Aminoacyl-ARNt synthétase, à travers toutes les modifs chimiques réalisées sur l’ARNt, et d’un couplage garanti entre l’ARNt et l’AA.
(On considère que c’est à ce moment-là que se joue l’essentiel de la traduction du code génétique)"
Par Pierre74 le 16/11/2011 à 23h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
c'est lors de la synthèse PAR la synthétase (sous entendu synthese de l'aminoacylARNt par la synthétase), pas de la synthétase à proprement parler^^ ça va t'éclairer, ça rend sa phrase bien plus compréhensible. Donc oui c'est bien completement faux ce que tu disais

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 16/11/2011 à 23h16 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Oui, c'est plus clair, merci =)

A propos de l'élongation, Une fois que l’hybridation codon/Anticodon est réussie, il y a une dégradation du GTP en GDP ou un échange de GDP avec du GTP, parcequ'il dit dégradation du GDP en GTP, donc je sais pas si c'est à propos de la dégradation qu'il a raison, ou à propos de GDP=>GTP ^^
Vu qu'il nous parle d'Action GEF des cofacteurs et d'hydrolyse lente du GTP pour vérifier l'appariement, je penche pour l'échange d'un GDP en GTP, mais sait-on jamais.

Merci d'avance :)
Par Pierre74 le 17/11/2011 à 18h27 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
En fait la petite sous unité se fixe sur AUG avec des facteurs d'inititation IF1 et IF3 non liés au GTP: soit AUG est proche d'une séquence de Shine et Dalgarno chez les procaryotes, soit dans la séquence Kozak chez les eucaryotes.

Ensuite l'ARNt-méthionine initiateur arrive avec un IF2-GTP et se fixent au même endroit.

Ensuite la grosse sous unité se place, les facteurs d'initiation 1, 2 et 3 sont libérés de l'ARNm et le GTP est hydrolysé, libérant de l'énergie nécessaire pour commencer le déplacement du ribosome. Hors de la traduction en elle même, l'IF2-GDP ainsi libéré va redevenir IF2-GTP grâce à une GEF.

Je t'ai expliqué le principe pour un procaryote ici, pour un eucaryote c'est presque la même chose sauf qu'il y a + de facteurs d'initiation (appelés eIF et non IF) donc un peu + d'étapes, mais le principe de l'hydrolyse du GTP est similaire.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 17/11/2011 à 19h04 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Pierre74
Membre
Médecine Montpellier
Okok merci désolé de t’embêter encore un peu, mais du coup:

C'est bien pendant le chargement qu’il y à hydrolyse lente ? et donc ce serait après le chargement (qui a utilisé du GTP)qu'il va y avoir action GEF ?

L’échange se fait par les GEF de EF-TU ou EF-Ts ?,ou on considère que c’est pareil , car EF-Ts, a l’action GEF de EF-Tu ?

Encore un petit problème sur ce qu'il à dit :

"Après qu’on ait dégradation du GDP en GTP, on va avoir la possibilité de réaliser la L° peptidique, formée grâce a la peptidyl transférase ... "

Merci beaucoup de ton aide !
Par Pierre74 le 17/11/2011 à 20h08 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Oui pour la première question t'as compris c'est ça.

EFTs c'est l'équivalent de GEF mais pour l'élongation: il transforme l'EFTu-GDP en EFTu-GTP après que le GTP ait été hydrolysé lors de la traduction.

Le 3eme problème c'est un errata, c'est après la dégradation du GTP en GDP que la peptidyl transférase agit.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 17/11/2011 à 20h40 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour,

Pour continuer avec la traduction j'ai un petit problème avec la Tryptophane comme exception au wobble.

En fait le wobble si j'ai bien compris c'est que comme on a des appariements en plus de AT et CG qui sont possibles on a un anticodon qui peut reconnaitre plusieurs codons donc c'est pour ça qu'on a pas autant d'ARNt qu'il y a de codons (on a juste un peu plus d'ARNt qu'il y a d'acides aminés).

Pour la Tryptophane il n'y a normalement qu'un codon c'est UGG mais avec le Wobble un anticodon qui devrait normalement reconnaitre un codon stop va du coup reconnaitre Trp c'est bien ça ?

Et aussi : comment les aaARNt "se départagent entre eux pour savoir lequel doit y aller" (parce qu'en fait au final c'est des aaARNt différents puisqu'ils portent en plus de l'anticodon l'acide aminé qui correspond, non ?) ? Comment savent-ils si c'est celui pour terminer la protéine (stop) ou celui pour rajouter la Tryptophane ?
C'est comme la sélénocystéine c'est un facteur d'élongation particulier qui vient sélectionner celui qui va se mettre dans le site A ?

Et d'ailleurs au niveau de la synthèse de l'aaArnt comment l'ARNt synthétase sait s'il faut accrocher de la Trp ou (euh rien ?) pour le Stop ? Elle accroche ce qui est le plus près d'elle ?

(Cette fois j'espère que ce que j'ai écrit est compréhensible rire )

Merci d'avance pour votre aide !
Par Althea le 18/11/2011 à 11h11 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
(euh désolée même après avoir relu 3 fois mon message je me suis trompée pour ma première phrase faut comprendre "comme exception au code génétique" et pas au wobble)
Par Althea le 18/11/2011 à 11h24 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
En fait le tryptophane c'est UGG (c'est pas un codon stop) dans les NOYAUX eucaryotes mais c'est UGA chez les mycoplasmes (bactéries procaryotes) et dans les mitochondries. Mais chez ces mycoplasmes et dans les mitochondries UGA c'est pas considéré comme un codon stop (alors que dans les noyaux eucaryotes oui). C'est hors programme mais l'anticodon UCA reconnaît UGA ET UGG. C'est normal qu'il reconnaisse UGA mais normalement il devrait pas reconnaître UGG, même si on fait un wobble, c'est pour ça que c'est une exception.

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 18/11/2011 à 22h17 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
Ah ok merci lol !
Par Althea le 18/11/2011 à 23h36 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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