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[UE 1] Lehmann/Peptides et protéines/Structures | Electrophorèse | Comment trouve-t-on le nombre de chaines polypeptidiques, de cystéines, les monomères ?(Résolue)

Question

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Nana
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour !

Voilà , j'ai un petit problème, je refais le TD n°5 sur les Acides aminés/Peptides et protéines de S.Lehmann, et je bloque sur certaines itemps : il s'agit du qcm 5 items C et D (ou le qcm 6, items B et C qui est du même genre). Je ne sais pas comment m'y prendre pour résoudre ce type de question et notamment comment savoir combien a-t-on de chaines polypeptidiques, de monomères, de cystéines ?
Voilà si un tuteur pouvait m'éclairer, ça serait sympa ! heureux

Merci d'avance !
Par Nana le 03/11/2011 à 17h06 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

Réponses

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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Alors souvent on te donne le poids de la protéine dans l'énoncé, sinon:

- en gel non dénaturant il y a TOUJOURS une seule bande, c'est le POIDS TOTAL de la protéine. (changement de l année 2012, il ne considere plus que c'est le poids car ça dépend aussi du PHi)

- en gel dénaturant (SDS) sans agent réducteur, dénaturer signifie casser les liaisons faibles entre monomères donc en gel dénaturant sans agent réducteur tu auras le poids du ou des MONOMERES (ou sous unités c'est pareil), et donc leur nombre éventuel.

-En gel dénaturant avec agent réducteur (beta mercaptoéthanol), tu vas couper (réduire) les ponts disulfures qu'il y avait dans ces sous unités donc tu vas avoir le nombre de CHAINES PEPTIDIQUES et donc le nombre de PONTS DISULFURES INTERCATENAIRES (un pont disulfure qu'il soit inter ou intracaténaire a besoin de 2 cystéines pour se former). Tu ne sauras pas le nombre de ponts intracaténaires avec agent réducteur sauf si on te donne le nombre de cystéines dans le peptide au départ (si y'a 13 cystéines et que tu trouves 6 ponts intercaténaires donc 12 cystéines, la 13eme ne donne aucun pont car elle est seule donc y'a zéro pont intracaténaire).

Avec des exemples:
Soit une protéine qui est à 100 kDa en non dénaturant, à 50 en dénaturant et à 25 en dénaturant avec agent réducteur, et qui possède 8 cystéines. Combien a t-elle de monomères? De chaînes peptidiques? de ponts inter? combien il pourrait avoir de ponts intra?

Réponse: elle pèse 100 kDa, a 2 sous unités de 50 kDa (2x50=100) donc c'est un dimère, chaque monomère de 50 est divisé en 2 chaînes de 25 (d'où l'unique bande à 25) donc y'a 2 ponts intercaténaires (4 chaînes) donc 4 cystéines utilisées. Vu qu'il a 8 cystéines on peut encore en utiliser 4 et former 2 ponts intra.


Autre exemple plus complexe: Une protéine de poids 350 kDa qui donne une bande à 100 et à 50 en dénaturant simple, et une bande à 50 en dénaturant avec agent réducteur.

Pour la dénaturation simple, tu peux avoir:
3 de 100 et une de 50 (tétramère)
2 de 100 et 3 de 50 (pentamère)
1 de 100 et 5 de 50 (hexamère)

Pour le dénaturant avec agent réducteur tu as donc 7 chaînes de 50 (7x50=350). Si on prend le premier cas de la dénaturation simple ça fera 3 ponts inter dans les 3 de 100. Si on prend le 2eme cas ça fera 2 ponts inter dans les 2 de 100. Si on prend la 3eme ça fait un pont inter car une de 100. Donc au minimum t'as 1 pont inter, au max t'en as 3. Donc t'as au minimum 2 cystéines, au maximum 6.

Si je t'avais dit que le peptide avait 6 cystéines soit il aurait eu 0 pont intra pour la première possibilité, soit 1 pour la 2eme, soit 2 pour la 3eme.

Tu as saisi? Si non, viens en salle tuto cet aprem^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 11h47 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nana
Membre
Médecine Montpellier
Ahhh merci beaucoup. J'ai bien compris maintenant, ça va beaucoup mieux ! Merci d'avoir pris le temps de m'expliquer ! heureux
Par Nana le 04/11/2011 à 13h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nana
Membre
Médecine Montpellier
J'ai bien compris tes exemples, mais là je fais un qcm avec plusieurs bandes au niveau du SDS et d'un agent réducteur, mais je ne sais pas comment m'y prendre maintenant pour compter le nombre de chaines polypeptidiques, en effet, on me demande un minimun,(ou un maximum ), comment faire ?
Si tu pouvais m'éclairer ça serait sympa ! heureux
Par Nana le 04/11/2011 à 18h56 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Donne moi l'énoncé de l'exo et je t'explique. Après je t'invente un autre exo et je te demanderai de m'expliquer la solution^^ parce qu'il est PRIMORDIAL que tu y arrives par toi même et que tu ne fasses pas que lire mes explications (quand on lit une solution, on a l'impression de comprendre, mais c'est en se confrontant à l'exo sans solution qu'on comprend vraiment)

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 19h48 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nana
Membre
Médecine Montpellier
D'accord, alors voici : (c'est le qcm n°7 de la séance n°7 de tuto du 08/10/2008)

"Considérons une protéine X de PM : 60 000 Da. On réalise une électrophorèse et on obtient en présence de SDS une bande de 30 000 Da et en présence de SDS + agent réducteur on obtient 3 bandes : une de 20 000 Da, une autre de 10 000 Da, et une dernière de 5 000 Da. Quelles sont les propositions compatibles avec ces données ?
1) X comporte 2 sous-unités identiques.
2) X comporte au maximum 4 chaines polypetidiques.
3) X comporte au minimum 5 chaines polypeptidiques.
4) Le nombre maximal de chaines d'une sous-unité est de 6."

C'est surtout pour l'item 2 et 3 que je bloque, je ne vois pas comment m'y prendre !

Merci beaucoup de ton aide heureux

Par Nana le 04/11/2011 à 20h39 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Bon donc en dénaturant t'as une bande à 30 donc forcément ça fait 2 sous unités de 30 (2x30=60) donc elle est dimérique avec 2 sous unités de même poids, mais elles ne sont pas forcément complètement identiques en termes d'acides aminés, elles ont juste même poids.

Je vais te représenter les liaisons faibles comme ceci - et les ponts disulfures comme ceci =. Alors donc maintenant tu sais que t'as 30 - 30. On te dit ensuite qu'en dénaturant avec agent t'as 20, 10 et 5.

Tu peux donc avoir (je suis obligé d'avoir au moins une de 20, une de 10 et une de 5 tout le temps, ici j'ai mis les deux de 20 et 10 que je suis obligé d'avoir au début)):
20=10 - 20=5=5 (5 chaînes, 3 ponts inter)
20=10 - 10=10=5=5 (6 chaînes, 4 ponts inter)
20=10 - 10=5=5=5=5 (7 chaînes, 5 ponts inter)
20=10 - 5=5=5=5=5=5 (8 chaînes, 6 ponts inter)

J'ai donc au maximum 8 chaînes, et au minimum 5. Et tu vois bien que dans l'exemple à 8 chaînes, une sous unité de 30 peut bien avoir 6 chaînes au max si elle a que des 5^^.

Tu m'as pas donné les réponses à l'exo donc je suis même pas sûr d'avoir raison lol j'espère que c'est ça. Si t'as saisi je t'invente un exo ensuite^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 21h04 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nana
Membre
Médecine Montpellier
J'ai une petite question : pourquoi tout à gauche, tu commences tout le temps par 20=10 ? Sinon à part ça je pense avoir compris le raisonnement, et je veux bien que tu m'inventes un nouvel exo pour le vérifier heureux
Par Nana le 04/11/2011 à 21h40 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Bah c'est moi qui ai décidé de faire comme ça, je sais qu'il y en aura toujours une de 20 et une de 10 donc voilà.
Alors soit une protéine de 220 kDa, qui est pentamérique et qui possède 8 cystéines. En gel dénaturant sans agent réducteur elle donne une bande à 60, une bande à 40 et une bande à 20. En gel dénaturant avec agent réducteur elle donne une bande à 40 et une bande à 20.

Alors je te demande de trouver combien de sous unités de 60, 40 et 20 elle a. Ensuite de me faire toutes les possibilités de chaînes de la même manière que ce que je t'ai fait au dessus, comme ça tu trouves le nombre de chaînes et de ponts intercaténaires minimum et maximum. Ensuite combien de ponts intra elle a au minimum et au maximum^^.

Inspire toi de la manière dont j'ai résolu l'exo d'avant^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 21h50 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
...
Nana
Membre
Médecine Montpellier
Ahhh d'accord !

Bon voilà ce que ça donne :

Pour faire 220Da, on a 2x60 + 2x40 + 20, donc 2 sous unités de 60, 2 de 40, et 1 de 20, soit 5 sous unités, donc 5 monomères, donc un pentamère comme dans l'énoncé.
Ensuite :

40=20 - 40=20 - 40 - 40 - 20 (donc là, nous avons 7 chaines peptidiques, 2 ponts inter, donc 4 cystéines, or dans l'énoncé, nous avons 8 cystéines, donc 8-4= 4 cystéines, qui vont former 2 ponts intra)

40=20 - 40)20 - 20=20 - 20=20 - 20 (donc là nous avons 9 chaines polypetidiques, 4 ponts inter, donc 8 cystéines, or dans l'énoncé nous avons 8 cystéines, ce qui nous fera 0 pont intra)

Donc si nous récapitulons, nous avons au minimum : 7 chaines peptidiques et 2 ponts inter, et 1 intra et au maximum nous avons 9 chaines peptidiques, 4 ponts inter, et 1 intra.

Voilà, j'espère que c'est ça heureux
Par Nana le 04/11/2011 à 22h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Tu as compris tous les principes etc c'est bien^^ par contre il te manque quelques possibilités:
40=20 - 40=20 - 40- 20=20 - 20
40=20 - 20=20=20 - 40 - 40 - 20
40=20 - 20=20=20 - 40 - 20=20 - 20
40=20 - 20=20=20 - 20=20 - 20=20 - 20
20=20=20 - 20=20=20 - 40 - 40 - 20
20=20=20 - 20=20=20 - 40 - 20=20 - 20

Bref cet exo était difficile car bien trop de possibilités c'était juste pour que tu comprennes le raisonnement, et tu l'as quand même compris même si t'as pas trouvé tous les trucs possibles (mais bon y'en avait trop faut dire^^) t'as quand même bien compris comment trouver un nombre minimal maximal de chaîne, de ponts inter, de ponts intra etc donc c'était ça le principal, t'inquiètes pas au concours y aura moins de possibilités que dans cet exemple. Mais donc le but c'est de toutes les trouver^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 22h23 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Nana
Membre
Médecine Montpellier
Ahhhh oui mince, oui exact, j'en ai oublié pas mal ! Mais j'ai compris le principe maintenant ! J'espère que je vais arriver à faire tous les QCM de ce type ! En tous cas, merci d'avoir pris le temps de m'expliquer, et c'était parfait avec les "-" et "=", j'ai beaucoup mieux compris comme ça ! Bonne soirée ! heureux
Par Nana le 04/11/2011 à 22h27 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Ouais t'as intérêt à tous les réussir maintenant langue bonne soirée

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 04/11/2011 à 22h29 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
Je relance :D !

C'est juste pour savoir, pourquoi, quand il nous "reste" des cystéines, on ne les dispose pas de manière à avoir 0 ponts intra ? Cad pourquoi, par exemple dans l'exo que t'avais inventé, et sachant qu'on avait 4 cystéines restantes, ne peut-on pas en mettre une sur chaque monomère ? Parce que dans ce cas là on aurait 0 (au mini) et 2 (au max) ponts intra-cat :
40=20 - 40=20 - 40 - 40 - 20

Merci rire

:).

Par Coline- le 05/11/2011 à 09h20 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
C'est pour ça que j'ai écrit combien il POURRAIT y en avoir oeil y'en a 2 max dans cet exemple, mais comme tu dis c'est pas obligé, c'est pas parce qu'il reste des cystéines qu'il y a obligatoirement des ponts intra, c'est pour ça que dans les exos il dit que la protéine "peut posséder" oeil

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 05/11/2011 à 11h14 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Coline-
Membre
Médecine Nîmes
D'accord, excuse-moi j'avais pas fait gaffe au "pourrait" ^^ !
Merci beaucoup rire

:).

Par Coline- le 05/11/2011 à 13h15 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
Bonjour,

Concernant ton exo est-ce que c'est possible ça :
40=20-60-40-40-20 ?
Parce que du coup ça ferait au minimum 6 chaînes, un pont disulfure et du coup il resterait 6 cystéines pour faire, ou pas, des ponts intracaténaires.
Par Althea le 18/11/2011 à 12h02 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Bakamed
Tuteur simple
Médecine Montpellier
Non c'est pas possible, t'as pas de chaînes à 60 puisqu'en dénaturant avec agent réducteur t'as que des bandes à 40 et 20 donc t'as que des chaînes à 40 et 20. Tout est expliqué dans cette question résolue, j'ai expliqué comment on trouvait les sous unités, les chaînes etc, donc si tu comprends pas, tu viendras en salle tuto^^

Médéric MICHEL, tuteur qualifié en UE1-TIG

Par Bakamed le 18/11/2011 à 20h22 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
Ah oui désolée j'ai du lire l'énoncé un peu vite ou alors j'étais pas très bien réveillée ce matin ... merci rire !
Par Althea le 18/11/2011 à 23h34 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Althea
Membre
Médecine Montpellier
Ah oui désolée j'ai du lire l'énoncé un peu vite ou alors j'étais pas très bien réveillée ce matin ... merci rire !
Par Althea le 18/11/2011 à 23h34 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alba
Membre
Médecine Montpellier
Je (re) relance,
Dans le td lehmann toujours, qcm 6 item b) il est dit " soit une protéine "PF" qui a un poids moléculaire de 300kda et qui en gel acrylamide en présence de SDS sans agent réducteur apparaît en bande unique de 150kda et en présence d'agent reducteur en serie de deux bandes de 30 et 90 kda. On peut déduire que cette protéine possède un total de 2 chaînes polypeptidiques . La réponse est FAUX

Si je reprends ta méthode , est ce que ça donnerait ça ?
30=90-90=90 (4 chaînes , 2 ponts inter)
30=90-30=30=30=90 ( 6 chaînes, 4 ponts inter )
30=90-30=30=30=30=30=30 ( 8 chaînes, 6 ponts inter )

Je ne vois pas comment on peut savoir "au total combien il y a de chaînes polypeptidiques" etant donné qu'il y a plusieurs possibilité de réponse ..

J'ai pensé aussi à interpréter autrement l'énnoncé et dire qu'avec la présence d'agent dénaturant on a 2 bandes de 30kda et 1 bande de 90kda ( j'avais compris 2 bandes dont une de 30kda et une de 90kda )et là ça ferait bien 2 monomères de 150kda qui possèdent chacun 3 chaînes et donc un total de 6 chaînes ?
Mais ce n'est pas très clair ..
Merci d'avance



Par Alba le 19/11/2011 à 10h41 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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cacahuette
Tuteur responsable
Médecine Montpellier
Alors pour cet exercice, l’élément important est qu'on te dit que ta protéine a un PM de 300kDa. C'est comme ça que tu pourra déterminer le nombre de chaines polypeptidiques.

On te dit qu'en électrophorèse dénaturante sans agent réducteur, on obtient une seule bande à 150kDa. Comme ton PM total de la protéine est de 300kDa, tu n'auras forcément que 2 monomères, chacun de 150kDa (150+150=300 heureux ).

Ensuite, avec un agent réducteur, tu obtiens une bande à 30kDa et une a 90kDa. Tu auras donc au moins une des chaines qui fera 30kDa et au moins une qui en fera 90kDa.
Donc pour le premier monomère de 150kDa, tu utilisera la chaine à 90kDa : 150=90+30+30.
Ensuite pour le 2ème monomère, tu as 2 possibilités :
- Soit tu n'as que des chaines de 30 kDa : 150=5x30
- Soit tu as la même répartition des chaines que pour le premier monomère : 150=90+30+30

Au final pour ta protéine, tu n'auras que 2 possibilités : soit tu auras 8 chaines, soit tu en auras 6. Donc la réponse est bien fausse, tu ne peux pas avoir seulement 2 chaines polypeptidiques.

Tutrice Qualifiée en UE1
Responsable de matière en UE1 Chimie/Biochimie pour l'ATM²

Par cacahuette le 19/11/2011 à 16h12 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte
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Alba
Membre
Médecine Montpellier
Merci, c'est plus clair maintenant :)
Par Alba le 19/11/2011 à 16h19 - Avertir les modérateurs Non respect de la charte

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